Рыбохозяйственная экспертиза ведет свою историю от службы санитарно-рыбохозяйственного надзора и экспертизы Камчатрыбвода, выделившейся в самостоятельное подразделение в 1997 году. После ряда реорганизаций отдел рыбохозяйственной экспертизы Северо-Восточного филиала ФГБУ "Главрыбвод" сформировался в нынешнем виде 1 декабря 2008 года. В связи с введением в действие с 01.01.2015 штатного расписания Северо-Восточного филиала ФГБУ "Главрыбвод", утвержденного приказом Северо-Восточного филиала ФГБУ "Главрыбвод" от 24.12.2014 № 365 «Об утверждении штатного расписания ФГБУ «Севвострыбвод», отдел рыбохозяйственной экспертизы реорганизован в группу рыбохозяйственной экспертизы отдела мониторинга состояния водных биологических ресурсов и рыбохозяйственной экспертизы.

С 01 июля 2018 года группа рыбохозяйственной экспертизы объединена с группой мониторинга состояния водных биоресурсов в отдел по рыболовству и сохранению водных биологических ресурсов.

С 2012 года осуществляется выполнение государственного задания в части анализа соответствия планируемых работ по сохранению ВБР и среды их обитания при согласовании строительства, внедрения новых технологических процессов и осуществление иной деятельности, оказывающей воздействие на водные биологические ресурсы и среду их обитания, поступающих от территориальных органов Росрыболовства.

Кроме того, в рамках договорных отношений выполняется:

- подготовка материалов по оценке воздействия на водные биоресурсы и среду их обитания при размещении и эксплуатации хозяйственных объектов, внедрении новых технологических процессов, влияющих на состояние водных биологических ресурсов и среду их обитания;

- составление рыбохозяйственных характеристик водных объектов и рыбопромысловых участков.

Выдаваемые специалистами рекомендации позволяют снизить негативное воздействие хозяйственной и иной деятельности на состояние водных биоресурсов и среды обитания лососевых видов рыб и других водных биологических ресурсов – ручьев, рек и озер Камчатского края и Чукотского автономного округа, а также способствуют сохранению нерестовых рек и озер в их естественном состоянии.